De eerste stap in de verwerking van boomstammen tot een gezaagd eindproduct is het “wateren”. Wateren is het langdurig in het water leggen van vers gekapt hout. Om kwaliteitshout te kunnen leveren is een zorgvuldige behandeling echt noodzakelijk.
In de Salamander wordt het hout in het balkengat gewaterd. Zowel aan de noordzijde als aan de zuidzijde van de molen ligt in het balkengat een voorraad boomstammen. Dit proces van wateren kan meerdere jaren duren. Boomstammen van de lichtere houtsoorten blijven drijven, zwaardere houtsoorten zoals eikenstammen zinken naar de bodem.
Door het wateren wordt het sap uit de boom gespoeld en daarmee ook de voedingsstoffen van de boom. Dit voedsel voor de boom is een goede voedingsbodem voor zwammen, schimmels, bacteriën en insecten die het hout aan kunnen tasten.
De in het hout aanwezige mineralen, voedingsstoffen en zetmeel worden in het water opgelost. Het hout is na het wateren zetmeelvrij en daarmee minder gevoelig voor schimmelaantasting en dus duurzamer geworden. Wateren verhoogt de duurzaamheid ook omdat de van nature aanwezige suikers in het hout worden uitgespoeld. Zodoende vervalt deze voedselbron voor zwammen en kevers. Bovendien krijgt gewaterd hout bij het drogen minder haarscheurtjes. Door langdurige watering raakt het hout ook uitgewerkt, waardoor de balken en planken die ervan worden gezaagd recht blijven.
Ook de structuur en kleur van het hout veranderen. Het laat zich gemakkelijker zagen en bewerken en zal minder krimpen en scheuren. Bepaalde houtsoorten zijn beter of minder bestand tegen bepaalde schimmels, insecten en weersinvloeden. Naarmate een houtsoort hier beter tegen bestand is, wordt er een hogere duurzaamheid aan toegekend.